Para o exercício das suas atribuições o SIE dispõe dos seguintes departamentos:
- a)Departamento dos Assuntos Industriais e Comerciais;
- b)Departamento dos Assuntos de Agricultura e Pescas;
- c)Departamento dos Assuntos Económicos e Financeiros;
- d)Departamento Jurídico;
- e)Departamento de Formação, Informação e Documentação;
- f)Repartição Administrativa.