O CIMO compreende:
- a)O chefe do Centro;
- b)Os órgãos de conselho e de apoio, que compreendem o Conselho Científico, o Gabinete Técnico e a Secretaria;
- c)O Departamento de Medicina no Trabalho, ao qual incumbe exercer as competências previstas nas alíneas a) a g) do artigo 38.º, no âmbito da respectiva área científica;
- d)O Departamento de Patologia Aeroespacial, ao qual incumbe exercer as competências previstas nas alíneas a) a g) do artigo 38.º, no âmbito da respectiva área científica;
- e)O Departamento de Medicina Tropical, ao qual incumbe exercer as competências previstas nas alíneas a) a g) do artigo 38.º, no âmbito da respectiva área científica;
- f)O Departamento de Investigação de Acidentes, ao qual incumbe exercer as competências previstas nas alíneas a) a g) do artigo 38.º, no âmbito da respectiva área científica;
- g)Os laboratórios, organizados de acordo com as necessidades e disponibilidades em infra-estruturas para apoio das actividades de investigação dos departamentos.