A organização interna dos serviços da SG obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade de apoio administrativo, técnico, jurídico e de gestão de recursos, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas restantes áreas de actividades, relativas à execução das políticas transversais do MS, o modelo de estrutura matricial.