A organização interna da DGRDN obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de atividades cuja natureza, complexidade ou transversalidade aconselhe o seu desenvolvimento por projetos, designadamente planeamento e gestão estratégica, gestão de informação, relações externas e cooperação internacional, modernização administrativa, qualidade, inovação e investigação e desenvolvimento, o modelo de estrutura matricial;
- b)Nas restantes áreas, o modelo de estrutura hierarquizada.