A organização interna dos serviços obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade relacionadas com a prossecução das atribuições nos domínios do apoio jurídico contencioso, do apoio técnico inspectivo no âmbito das delegações regionais, da administração geral e da informação, é adoptado o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de actividade relacionadas com a prossecução das atribuições nos domínios da inspecção técnico pedagógica, da inspecção administrativo financeira e da avaliação externa das escolas, é adoptado o modelo de estrutura matricial.