Em matéria pedagógica, o conselho superior define a orientação dos estudos e adopta a sua organização. Designadamente, sob parecer do conselho de inspecção competente:
1) Fixa os programas e horários harmonizados de cada ano de estudos e de cada secção que organizou e faz recomendações para a escolha dos métodos;
2) Assegura o controlo do ensino através dos conselhos de inspecção e define as regras de funcionamento destes conselhos;
3) Fixa a idade exigida para admissão nos diversos ciclos de ensino e define as regras que autorizam a passagem dos alunos para a classe seguinte ou para o ciclo secundário e, a fim de lhes permitir, em qualquer momento, reintegrar-se nas escolas nacionais, adopta as condições em que são reconhecidos os anos de estudos cumpridos na escola, em conformidade com o disposto no artigo 5.º Elabora ainda o quadro de equivalência previsto no n.º 1 do artigo 5.º;
4) Cria exames destinados a sancionar o trabalho feito na escola; elabora o regulamento desses exames, determina a composição dos júris e emite os respectivos diplomas; fixa igualmente as provas desses exames a um nível suficiente para dar execução ao disposto no artigo 5.º