A autonomia administrativa da Faculdade manifesta-se na sua capacidade de:
- a)Emitir regulamentos e praticar actos administrativos, no âmbito do exercício de poderes e funções públicas;
- b)Praticar os actos jurídicos adequados à prossecução dos seus objectivos, cabendo aos órgãos competentes autorizar despesas e celebrar os contratos necessários à respectiva gestão corrente, designadamente, contratos e protocolos para a execução de projectos de investigação e desenvolvimento, de prestação de serviços, contratos de aquisição de bens e serviços e ainda contratos de pessoal e de concessão de bolsas.