A Universidade compreende os seguintes departamentos:
No campo de Ponta Delgada:
Departamento de Biologia;
Departamento de Ciências da Educação;
Departamento de Economia e Gestão;
Departamento de Geociências;
Departamento de História, Filosofia e Ciências Sociais;
Departamento de Línguas e Literaturas Modernas;
Departamento de Matemática;
No campo de Angra do Heroísmo:
Departamento de Ciências Agrárias;
No campo da Horta:
Departamento de Oceanografia e Pescas.