A autonomia científica da ENIDH envolve a capacidade para, nos termos da lei, decidir sobre:
- a)Propostas de criação, alteração, suspensão e extinção de cursos;
- b)Planos de estudos dos cursos ministrados, conteúdos programáticos das disciplinas e outras actividades;
- c)Projectos de investigação que desenvolve;
- d)Serviços que presta à comunidade;
- e)Outras actividades científicas e culturais que realiza;
- f)Equivalência e reconhecimento de graus, diplomas, cursos e componentes de cursos.