A gestão da ENIDH, subordinada a princípios de gestão por objectivos, adopta os seguintes instrumentos:
- a)Plano de actividades;
- b)Plano de desenvolvimento plurianual;
- c)Orçamentos decorrentes do Orçamento do Estado;
- d)Orçamentos decorrentes do orçamento de receitas próprias;
- e)Relatório de gestão;
- f)Balanço;
- g)Demonstração de resultados;
- h)Mapas de execução orçamental;
- i)Mapas de fluxo de caixa;
- j)Mapa de situação financeira.