O conselho da unidade é constituído por um professor a tempo integral representante de cada UCP, eleito bienalmente entre os seus membros, sendo requisito para integrar a Unidade de Formação Avançada (UFA) e a Unidade de Investigação Aplicada (UIA) o grau de doutor.
Ao conselho da unidade compete:
- a)Aprovar o regulamento da Unidade;
- b)Definir e coordenar a política de Investigação, Desenvolvimento e Inovação (IDI), formação avançada ou prestação de serviços, em concordância com o âmbito das suas competências;
- c)Organizar e coordenar as linhas de IDI, a oferta de formação avançada ou a prestação de serviços, em concordância com o âmbito das suas competências;
- d)Coordenar a articulação com os Departamento e as UCP no âmbito das suas competências;
- e)Aprovar o plano de atividades e o correspondente plano de execução orçamental;
- f)Aprovar os relatórios de contas e de atividades;
- g)Dar parecer ou decidir sobre os assuntos que lhe forem submetidos.