A Assembleia Municipal da Trofa aprovou, sob proposta da Câmara Municipal, a estrutura orgânica nuclear que corresponde a uma departamentalização fixa da organização e é composta por:
1 (uma) direção Municipal, dirigida por um Diretor Municipal, cargo de direção superior de 1.º grau;
3 (três) departamentos, dirigidos por Diretores de Departamento, cargos de direção intermédia de 1.º grau:
Departamento de Desenvolvimento do Território
Departamento de Administração Geral
Departamento de Desenvolvimento Estratégico, Social e Educativo.