O CIDIUM tem a seguinte estrutura:
- a)O chefe do CIDIUM;
- b)O conselho de coordenação da investigação do IUM (CCI-IUM);
- c)O Gabinete de Projetos de Investigação e Desenvolvimento em Ciências Militares (GPID);
- d)O Gabinete de Planeamento e Apoio à Investigação;
- e)O Núcleo Editorial;
- f)A Secção de Secretariado;
- g)Comissão de Ética.