A UATLA compreende os seguintes departamentos, sem prejuízo da criação de outros:
Departamento de Ciências do Território, Ambiente e Desenvolvimento;
Departamento de Ciências Empresariais;
Departamento de Ciências e Tecnologias da Informação e da Comunicação;
Departamento de Ciências da Nutrição.
Os departamentos são unidades de ensino permanente sem estatuto de unidade orgânica, funcionando na dependência do reitor da UATLA, vocacionados para a criação e a transmissão do conhecimento no domínio de uma disciplina ou grupo de disciplinas, constituindo a célula base de organização científico-pedagógica da UATLA num domínio consolidado do saber.
Os departamentos agrupam docentes com afinidades científicas responsáveis pela leccionação de unidades curriculares que servem um ou mais planos de estudo de cursos dos diferentes ciclos do ensino da UATLA.
Cada departamento será dirigido por um director, nomeado pelo reitor, que nele delega competências, por períodos, renováveis, de dois anos.
Aos directores de departamento compete assegurar o mais elevado nível pedagógico e científico das actividades desenvolvidas pelo respectivo departamento, e em particular:
Orientar e coordenar as actividades pedagógicas e científicas do departamento, promovendo a coordenação interdisciplinar da docência;
Assegurar a gestão corrente dos cursos e contribuir para a correcção de anomalias no seu funcionamento, tomando as providências que melhor assegurem o desempenho da actividade docente;
Propor ao reitor eventuais alterações aos planos de estudos;
Propor ao reitor iniciativas que contribuam para o desenvolvimento pedagógico do Departamento e do ensino ministrado na Universidade;
Propor ao reitor a designação de júris de provas de mestrado e de Doutoramento, ouvido o coordenador de curso;
Atender pelas formas adequadas os docentes e os estudantes do departamento;
Promover no início e no final de cada semestre lectivo, e sempre que necessário, reuniões com membros do corpo docente do departamento para apreciação, conhecimento e orientação de questões que de modo especial lhe respeitem;
Manter informado o reitor sobre as actividades escolares;
Elaborar a proposta de plano de actividades e de funcionamento do departamento, a apresentar ao reitor no mês de Setembro;
Elaborar o relatório anual sobre as actividades e o funcionamento do departamento, a apresentar ao reitor no mês de Setembro;
Submeter à orientação do reitor os assuntos urgentes da competência dos conselhos pedagógico e científico, sem prejuízo da sua apreciação pelo respectivo órgão na reunião imediatamente posterior;
Apreciar os assuntos e petições apresentados pelos docentes e pelos estudantes e, quando não forem da sua competência, encaminhá-los para o órgão adequado;
Exercer as demais competências que lhe sejam delegadas pelo reitor.
Os directores de departamento podem ser coadjuvados por directores-adjuntos, a quem compete superintender o expediente especificamente atribuído pelo reitor.
Os directores de departamento são assessorados por coordenadores de curso, a quem compete:
Definir e incentivar acções pedagógicas e outras que contribuam para a valorização e visibilidade dos cursos;
Coordenar a recolha e organização das fichas de unidade curricular, assegurando a sua uniformização e a sua distribuição aos estudantes no início do ano lectivo;
Apreciar os conteúdos programáticos das unidades curriculares que constituem o plano de estudos do curso e propor ao respectivo director de departamento eventuais alterações;
Propor ao director de departamento, e emitir parecer, sobre alterações curriculares a introduzir aos planos de estudos dos respectivos cursos;
Apreciar os critérios de avaliação das unidades curriculares e propor alterações que os adeqúem ao regulamento de avaliação do aproveitamento dos estudantes;
Designar os orientadores de estágios ou de trabalhos finais de licenciatura;
Presidir aos júris de estágios ou de trabalhos finais de licenciatura e designar os restantes respectivos membros.