A Universidade Lusófona subordina-se aos seguintes princípios gerais de funcionamento:
- a)Independência em relação a qualquer força ou instituição política, social, económica ou religiosa;
- b)Autonomia científica e pedagógica;
- c)Estrutura baseada em áreas científicas, visando realizar, simultaneamente, a justa autonomia e a necessária interdisciplinaridade de todas as ciências;
- d)Introdução do sistema de unidades de crédito (ECTS), nos termos da Declaração de Bolonha e das normas que concretizam os princípios na mesma enunciados;
- e)Incremento e aprofundamento das relações com empresas e outras organizações, de forma a tornar mais eficaz o ensino ministrado e a investigação científica realizada;
- f)Colaboração e intercâmbio com instituições congéneres, nacionais e estrangeiras, designadamente do Espaço Europeu e do Espaço Lusófono;
- g)Participação do corpo docente, discente e administrativo.