São órgãos departamentais permanentes o director do departamento e a comissão científico-pedagógica.
- 1 -O director é um órgão uninominal nomeado pela direcção da entidade instituidora, sob proposta do presidente do ISMAI, para um mandato de um ano escolar, renovável.
- 2 -A comissão científico-pedagógica é um órgão colegial constituído pelo director do departamento, pelos coordenadores dos cursos e por todos os docentes com o grau de doutor que leccionam nesses mesmos cursos.
- 3 -Os docentes de cada departamento podem organizar-se em secções, de acordo com o respectivo regulamento, por forma a possibilitarem a transversabilidade de uma dada área científica dentro do mesmo departamento, ou entre departamentos.