O Município de Olhão estrutura-se em torno das seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)Departamento de Administração Geral;
- b)Departamento de Obras Municipais e Manutenção;
- c)Departamento de Desporto, Educação, Juventude e Associativismo;
- d)Departamento de Cultura;
- e)Departamento de Ambiente, Energia, Mobilidade, Transportes e Tecnologias de Informação;
- f)Departamento de Polícia Municipal;
- g)Gabinete de Bombeiros e Proteção Civil, equiparado a Departamento.