O Conselho exerce as seguintes funções:
1) Adoção de acordos, recomendações e propostas da Comunidade de Trabalho «Eurorregião Alentejo-Algarve-Andaluzia»;
2) Aprovação dos Planos de Atividades e dos Relatórios de Atividades;
3) Tomada de decisões sobre a criação, extinção ou modificação dos Grupos de Trabalho;
4) Aprovação e validação dos trabalhos e propostas dos Grupos de Trabalho;
5) Adoção das decisões relativas à organização e funcionamento da Comunidade de Trabalho «Eurorregião Alentejo-Algarve-Andaluzia»;
6) Quaisquer outras funções diretamente relacionadas com a direção da Comunidade de Trabalho «Eurorregião Alentejo-Algarve-Andaluzia»;
7) Decidir sobre as modificações que qualquer membro proponha introduzir no presente Protocolo;
8) Aprovar, caso seja criado, o Regulamento Interno de funcionamento da Comunidade de Trabalho «Eurorregião Alentejo-Algarve-Andaluzia».