São competências do conselho científico do ILIND:
- a)Aprovar os planos anuais e plurianuais de atividades;
- b)Aprovar os relatórios anuais e plurianuais de execução de atividades;
- c)Apreciar o orçamento anual;
- d)Apreciar o relatório anual de execução financeira;
- e)Dar parecer sobre a integração do instituto em redes de I&D;
- f)Pronunciar-se sobre a criação e composição do Conselho Consultivo;
- g)Apreciar qualquer assunto relativo à atividade científica do instituto que lhe seja submetido pelo Conselho Diretivo.