1 - A organização dos serviços municipais obedece ao sistema estrutural misto:
a) O modelo de estrutura matricial é aplicado no desenvolvimento de gabinetes transversais;
b) O modelo de estrutura hierarquizada é aplicado às restantes áreas de atividade.
2 - O número máximo de unidades orgânicas flexíveis do município é fixado em 9, correspondentes a 6 divisões e 3 subunidades (direções intermédias de 3.º grau).
4 - O número máximo de subunidades orgânicas correspondentes a núcleo (direções intermédias de 4.º grau) é fixado em 11.
5 - A estrutura interna das unidades e subunidades orgânicas é constituída por áreas a criar, alterar ou a extinguir por despacho do presidente da câmara.
6 - O Município de Peniche estrutura-se em torno das seguintes unidades orgânicas flexíveis (direções intermédias de 2.º grau), todas diretamente dependentes do Presidente da Câmara:
Divisão de Administração e Finanças (DAF);
Divisão de Planeamento e Gestão Urbanística (DPGU);
Divisão de Obras Municipais (DOM);
Divisão de Ambiente (DA);
Divisão de Associativismo, Cultura, Desporto, Juventude e Turismo (DACDJT);
Divisão de Educação (DE).
7 - Ainda na dependência direta hierárquica e funcional do Presidente da Câmara são constituídos os seguintes gabinetes, serviços e subunidades:
Gabinete de Apoio à Presidência (GAP);
Berlenga;
Proteção Animal - Serviço de Sanidade e Pecuária;
Gabinete de Desenvolvimento e Apoio às Empresas (GDAE);
Gabinete de Gestão de Qualidade e Proteção de Dados (GGQPD);
Gabinete Comunicação e Relações Públicas (GCRP);
Serviço Municipal de Proteção Civil (SMPC);
Subunidade Desenvolvimento Social;
Núcleo das Novas Tecnologias.
8 - Na dependência direta das unidades orgânicas flexíveis de 2.º grau encontram-se já previstas 14 unidades flexíveis de 3.º grau ou inferior, designadas de Subunidades, Núcleos e assegurados por pessoal qualificado com cargos de direção intermédia de 3.º grau ou inferior e designados neste Município por Chefes de Subunidade ou Chefes de Núcleo.