A organização interna dos serviços da Câmara Municipal de Faro obedece ao modelo de estrutura hierarquizada, nos termos do artigo 9.º, n.º 1, alínea a) e artigo 10.º do Decreto-Lei n.º 305/2009, de 23 de outubro, na atual redação, constituído por um máximo de:
- a)8 unidades orgânicas nucleares;
- b)25 unidades orgânicas flexíveis de 2.º grau;
- c)22 unidades orgânicas de 3.º grau;
- d)48 subunidades orgânicas;
- e)1 equipa de projeto.