O CISAS é constituído pelos seguintes órgãos:
1) De natureza científica e colegial, o Conselho Científico;
2) De natureza executiva, de gestão, de coordenação científica e unipessoal, o(a) Diretor(a);
3) De coordenação científica e colegial, a Comissão Científica;
4) De avaliação/aconselhamento e colegial, a Comissão Externa de Acompanhamento Científico;
5) De aconselhamento e colegial, a Comissão Consultiva;