O iBB tem os seguintes objetivos:
- a)Desenvolver investigação científica e tecnológica nas áreas multidisciplinares que contribuem para a Bioengenharia, para as Ciências Biológicas e para a Química;
- b)Realizar ações de formação avançada ao nível de doutoramento e mestrado e prestar serviços à comunidade nos domínios de especialização do seu pessoal;
- c)Transferir tecnologia e conhecimento para a sociedade em geral e para as empresas em particular.
- d)Colaborar, mediante protocolos, com os Departamentos do IST, no ensino ministrado no IST, ou com outras Escolas de Ensino Superior.