Além das competências que lhe sejam especificamente reservadas pela legislação aplicável, o plenário é a instância de recurso das decisões da comissão coordenadora, competindo-lhe ainda a eleição, de entre os seus membros doutorados, do presidente e do secretário do conselho científico e a homologação da composição da comissão coordenadora, constituída nos termos do artigo 20.º
O presidente não poderá acumular com a presidência do conselho pedagógico.
O mandato do presidente e do secretário do conselho científico é de três anos.