O SIGQ-FMUL estabelece na sua criação os seguintes princípios:
1) Atender à realidade da Faculdade, como instituição de referência do ensino e da investigação em medicina e ciências biomédicas a nível nacional;
2) Garantir a integração do SIGQ-FMUL no Sistema Integrado de Garantia da Qualidade da Universidade de Lisboa (SIGQ-ULisboa);
3) Estimular a participação de todas as partes interessadas internas (docentes, investigadores, não docentes e estudantes) para a concretização eficaz de objetivos, promovendo uma cultura de melhoria contínua de modo transversal às áreas estratégicas;
4) Caracterizar-se pela simplicidade, coerência, estabilidade e previsibilidade, sem prejuízo da inovação e modernização administrativa da gestão do sistema;
5) Garantir a transparência e a prestação de contas, bem como a segurança da informação, a privacidade e a proteção dos dados pessoais;
6) Assegurar a participação, colegialidade, rigor e empenhamento na vida académica;
7) Promover o desenvolvimento de uma cultura de qualidade nos vários domínios de atuação da FMUL;
8) Contribuir para a melhoria contínua das atividades desenvolvidas pela FMUL.