A Estrutura Orgânica operacional do Município de Serpa inclui as seguintes Unidades Orgânicas:
Divisão de Ambiente e Serviços Urbanos;
Divisão de Mobilidade e Obras Municipais;
Divisão de Urbanismo e Ordenamento do Território;
Divisão de Cultura e Património;
Divisão de Ação Social, Habitação e Saúde;
Divisão de Educação e Juventude;
Gabinete do Movimento Associativo e Desporto.