O MMO apresenta uma estrutura polinucleada reticular, que integra núcleos museológicos e patrimoniais já existentes, em organização ou que venham a ser criados.
Integra actualmente:
- a)O Núcleo-sede de Gestão Museal e Patrimonial. Contempla os serviços de administração e gestão museal e patrimonial; reservas e laboratório de conservação e restauro; e serviço educativo;
- b)O Núcleo da Casa do Administrador (unidade expositiva que «encena» várias temáticas sob o lema da caracterização do Concelho, sobretudo entre 1850 e 1960). Contempla o serviço expositivo (exposição de longa duração e exposições temporárias), loja e cafetaria;
- c)O Núcleo da Cidade Velha (burgo amuralhado, desenvolvido em torno de dois pólos: o pólo militar, representado pelo Castelo e Paço dos Condes (MN) e o pólo religioso, marcado pela Igreja Matriz). Contempla os serviços de exposição, visitas guiadas e suportes interpretativos.