A hierarquia protocolar dos titulares dos órgãos da Ordem é a seguinte:
- a)Bastonário da Ordem;
- b)Presidente da assembleia de representantes;
- c)Presidente do conselho de supervisão;
- d)Presidentes dos conselhos regionais;
- e)Presidente do conselho nacional de disciplina;
- f)Provedor dos destinatários dos serviços;
- g)Presidentes dos conselhos disciplinares regionais;
- h)Presidentes dos conselhos das sub-regiões e dos conselhos médicos das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira;
- i)Restantes membros dos órgãos eleitos da Ordem.