Aos Serviços de Gestão do Fundo Ambiental, abreviadamente designados por SGFA, compete:
a) Desenvolver as ações necessárias para cumprimento dos objetivos do Fundo;
b) Apresentar propostas para o plano anual de apoios do Fundo a submeter à aprovação do membro do Governo responsável pela área do ambiente e da ação climática;
c) Preparar as propostas de programas de avisos para apresentação de candidaturas e as propostas de protocolos;
d) Preparar os apoios do Fundo a intervenções urgentes ou de especial relevância declaradas pelo membro do Governo responsável pela área do ambiente e da ação climática;
e) Acompanhar a execução técnica dos projetos apoiados pelo Fundo;
f) Verificar se o beneficiário tem capacidade administrativa, financeira e operacional para cumprir as condições definidas para a atribuição do apoio, de acordo com os critérios do programa de avisos, quando aplicável;
g) Verificar se o objeto da candidatura ou do pedido de apoio tem enquadramento nas elegibilidades específicas, adequação técnica para prossecução dos objetivos e finalidades específicas visadas, bem como viabilidade e sustentabilidade económica e financeira, quando aplicável;
h) Preparar a proposta de decisão quanto ao pedido de apoio e fornecer todos os elementos necessários para a aprovação pelo membro do Governo responsável pela área do ambiente e da ação climática;
i) Assegurar o acompanhamento da execução do contrato relativo à atribuição do apoio, incluindo o pagamento das despesas apresentadas e comprovadas pelos beneficiários, bem como a sua conformidade com a legislação e regulamentação aplicáveis;
j) Garantir que os beneficiários utilizam um sistema contabilístico separado para todas as transações relacionadas com o apoio;
k) Colaborar na elaboração dos orçamentos e contas anuais e elaborar os relatórios de gestão execução;
l) Assegurar o funcionamento de um sistema de controlo interno que previna e detete irregularidades e permita a adoção das medidas corretivas oportunas e adequadas.