1 - A Comissão funciona em reuniões plenárias por convocação e sob direção do seu presidente ou, nos impedimentos deste, do seu vice-presidente.
2 - A Comissão pode organizar-se em subcomissões:
3 - A Comissão delibera por maioria qualificada dos votos.
4 - A Comissão elabora e aprova o respetivo regulamento interno de funcionamento.
5 - Das reuniões da Comissão são lavradas atas.
6 - A Comissão elabora e submete anualmente ao membro do Governo responsável pela área da Saúde um relatório sobre as áreas prioritárias para criação de Centros de Referência.
7 - O exercício de funções na Comissão não é remunerado.
8 - A Comissão funciona junto da Administração Central do Sistema de Saúde, I.P.
9 - A Comissão tem o apoio técnico e científico da Ordem dos Médicos, da Direção-Geral da Saúde e da Administração Central do Sistema de Saúde, I.P.
10 - A Direção-Geral da Saúde e a Administração Central do Sistema de Saúde, I.P. podem, nos termos da lei, recorrer, a pedido da Comissão, a peritos, nacionais ou estrangeiros, em função da sua experiência profissional e científica, por áreas temáticas de patologias, técnicas, procedimentos ou tecnologias, que sejam necessários.