O consórcio extingue-se por portaria dos membros do Governo responsáveis pelas áreas da ciência, tecnologia e ensino superior e da saúde, ouvido o Conselho Nacional dos Centros Académicos Clínicos, nos seguintes casos:
a) Na sequência de proposta dos seus membros;
b) Em virtude da ocorrência de causa superveniente que determine a impossibilidade de realização do seu objeto;
c) Na sequência de avaliação negativa em duas avaliações externas seguidas, nos termos da lei;
d) Com fundamento em qualquer outra causa prevista na lei.