1 -O Fundo rege-se pelo princípio da igualdade, da transparência e da não discriminação nas suas relações com os beneficiários e demais princípios gerais subjacentes à atividade administrativa.
2 -Os apoios financeiros atribuídos pelo Fundo devem ser imprescindíveis e suficientes para a prossecução do interesse público.
3 -A gestão financeira do Fundo deve ser orientada pelos princípios e instrumentos de gestão aplicáveis aos fundos e serviços autónomos, devendo a sua gestão ser orientada para privilegiar o financiamento de entidades, projetos e atividades com potencial de alavancagem de fundos complementares e maior retorno na concretização das políticas públicas na área do ambiente, da mobilidade, do desenvolvimento regional e da coesão territorial.