Compete ao Núcleo de Assessoria, Jurídico e Contencioso, abreviadamente designado por NAJC:
a) Prestar apoio e assessoria técnica especializada ao conselho diretivo, bem como a todas as unidades orgânicas da Agência, I. P., mediante solicitação do conselho diretivo;
b) Assegurar o acompanhamento da Comissão Interministerial de Coordenação dos fundos europeus;
c) Participar na elaboração de projetos normativos de enquadramento da intervenção nacional dos fundos europeus e emitir pareceres e prestar informações sobre as questões de natureza jurídica no âmbito das atividades da Agência, I. P.;
d) Participar na análise e na preparação de projetos de diplomas legais relacionados com a atividade da Agência, I. P., procedendo a estudos jurídicos, bem como na elaboração de circulares, regulamentos, minutas de contratos e outros documentos de natureza normativa do âmbito da atividade da Agência, I. P.;
e) Produzir orientações gerais e orientações técnicas no âmbito da contratação pública;
f) Proceder à instrução de processos de averiguações, de inquérito e disciplinares, por determinação do conselho diretivo;
g) Assegurar a informação sobre a idoneidade e eventual existência de dívidas das entidades titulares de pedidos de financiamento;
h) Promover, em articulação com a UGF, a recuperação, por via coerciva, dos créditos das entidades beneficiárias;
i) Assegurar o acompanhamento dos processos em tribunal, sem prejuízo da representação da Agência, I. P., pelo Ministério Público;
j) Assegurar a articulação com os órgãos judiciais em matéria de prestação de informação sobre as operações cofinanciadas pelos fundos europeus e em especial pelos fundos da Política de Coesão;
k) Assegurar a análise, o tratamento e o encaminhamento das denúncias e queixas que envolvam a utilização indevida de apoios cofinanciadas pelos fundos europeus e em especial fundos da Política de Coesão;
l) Extrair certidão do despacho do presidente do conselho diretivo da Agência, I. P., que determine a restituição e a sua notificação à entidade devedora.