São competências do IFAP:
- a)Garantir o cumprimento dos requisitos estabelecidos para aplicação da compensação a que se refere a presente portaria, assegurando o acompanhamento e a gestão financeira da medida e emitindo as normas técnicas que se revelarem necessárias;
- b)Receber, dos órgãos próprios das Regiões Autónomas, os pedidos de pagamento apresentados pelos beneficiários, devidamente validados;
- c)Realizar o pagamento aos beneficiários dos apoios que satisfaçam todos os requisitos de elegibilidade aprovados;
- d)Assegurar a interlocução com os serviços da Comissão Europeia;
- e)Coordenar a elaboração do relatório anual sobre a aplicação da compensação e comunicá-lo à Comissão até 30 de Junho de cada ano, nos termos definidos no n.º 1 do artigo 8.º do Regulamento (CE) n.º 791/2007, do Conselho, de 21 de Maio;
- f)Assegurar que as acções de controlo administrativo e físico das operações aprovadas satisfazem um nível de protecção adequado, tendo em conta as regras nacionais e comunitárias aplicáveis;
- g)Assegurar o reembolso dos apoios considerados indevidamente atribuídos;
- h)Exercer todas as competências necessárias ao bom funcionamento do presente regime, em estreita articulação e cooperação com os órgãos próprios das Regiões Autónomas.