A gestão do INFARMED assenta nos seguintes princípios:
1.º O INFARMED é uma instituição regulamentar que, enquadrada na política do medicamento e dos produtos de saúde, orienta a sua intervenção para a garantia do acesso dos cidadãos a melhores medicamentos e produtos de saúde e para a promoção do seu uso racional;
2.º O INFARMED desenvolve a sua actividade em obediência aos princípios da transparência, acessibilidade e participação dos interessados e das suas organizações representativas;
3.º A estrutura do INFARMED assenta numa organização e gestão horizontalizadas e especializadas com coordenação adequada;
4.º A gestão dos processos e o relacionamento entre o INFARMED e os seus clientes internos e externos far-se-á segundo o princípio de um responsável por processo;
5.º Os órgãos da estrutura do INFARMED relacionam-se de acordo com parâmetros de prestador-cliente com definição das contribuições e resultados respectivos, de acordo com as disposições deste Regulamento e dos planos de actividade definidos;
6.º As responsabilidades e a participação de todos os colaboradores do INFARMED terá por suporte um sistema de contratualização interna e um código de conduta;
7.º Serão implementados mecanismos de avaliação e melhoria da qualidade, quer a nível interno quer externo.