A estrutura orgânica do IPAM - Aveiro é composta por:
- a)Órgãos de governo:
i. Conselho de gestão;
ii. Diretor.
- b)Órgãos colegiais:
i. Conselho técnico-científico;
ii. Conselho pedagógico;
iii. Conselho consultivo;
iv. Comissão disciplinar.
- c)Cargos uninominais:
i. Provedor do estudante;
ii. Presidente do conselho técnico-científico;
iii. Presidente do conselho pedagógico;
iv. Diretor de curso;
v. Coordenador de área técnico-científica.