A organização interna da FCT, I. P., é constituída pelas seguintes unidades orgânicas:
- a)Departamento de Programas e Projetos;
- b)Departamento de Suporte à Rede de Instituições Científicas e Tecnológicas;
- c)Departamento de Formação dos Recursos Humanos;
- d)Departamento das Relações Internacionais;
- e)Departamento da Sociedade de Informação ;
- f)Departamento de Gestão e Administração.