O funcionamento da CPE rege-se pelas seguintes normas:
- a)As reuniões são presididas pelo Comandante, com faculdade de delegação no 2.º Comandante, sendo secretariadas por um Oficial do GEP;
- b)As reuniões realizam-se, ordinariamente, uma vez por mês e, extraordinariamente, sempre que o Comandante assim o determinar;
- c)Por determinação do Comandante, ou quando a natureza das matérias a tratar assim o recomendar, podem tomar assento nas reuniões e serem ouvidos, sem direito a voto, os coordenadores dos departamentos, os docentes ou outros Oficiais da AFA;
- d)A convocatória, a ordem do dia e os relatórios ou projetos para discussão são entregues aos membros da CPE, com a antecedência mínima de quarenta e oito horas sobre a data da reunião;
- e)De cada reunião é lavrada uma ata, que conterá um resumo de tudo o que nela tiver ocorrido;
- f)Em tudo o que não se encontre previsto no presente artigo serão, subsidiariamente, aplicáveis as regras do código de procedimento administrativo referentes a reuniões, deliberações, pareceres e votações dos órgãos colegiais.