Ao NEPES compete:
- a)Coordenar as actividades de investigação do IM nos domínios da meteorologia, da climatologia e da geofísica, de âmbito nacional e internacional;
- b)Promover, quando necessário, parcerias e protocolos específicos com universidades ou outras instituições apropriadas com vista ao desenvolvimento e à execução das actividades de investigação;
- c)Realizar estudos meteorológicos, climáticos e geofísicos com vista ao desenvolvimento de metodologias apropriadas que permitam ao IM uma adaptação adequada ao progresso científico e técnico na medida necessária ao cumprimento da sua missão.