A organização interna da Agência Nacional para a Qualificação e o Ensino Profissional, I. P., abreviadamente designada ANQEP, I. P., é constituída pelas seguintes unidades orgânicas nucleares:
- a)O Departamento de Gestão Integrada de Sistemas de Qualificação;
- b)O Departamento de Administração Geral.