Compete ao Departamento de Controlo, abreviadamente designado por DCO:
- a)Assegurar a gestão do planeamento e da execução do controlo das ajudas a conceder e concedidas;
- b)Assegurar a manutenção e o funcionamento do sistema de informação geográfica unificado;
- c)Assegurar as acções de controlo desenvolvidas por outras entidades, incluindo a formação dos agentes, a criação e actualização dos procedimentos, metodologias e instrumentos de controlo.