Compete ao Departamento de Controlo, abreviadamente designado por DCO:
- a)Assegurar a programação, a gestão do planeamento, a seleção das amostras anuais de controlo e a execução dos controlos físicos, contabilísticos e processuais, das ajudas a conceder e concedidas;
- b)Assegurar a realização do controlo de qualidade das ações de controlo desenvolvidas por outras entidades, incluindo, designadamente, a formação e a credenciação dos agentes, a criação e a atualização dos procedimentos, das metodologias e dos instrumentos de controlo.