Ao Núcleo de Águas Subterrâneas cabe realizar estudos nos seguintes domínios:
- a)Hidrogeologia e recursos hídricos subterrâneos, incluindo a inventariação, a monitorização e a gestão de águas subterrâneas e a aplicação de técnicas de optimização;
- b)Escoamento e transporte de poluentes em meios porosos e intrusão salina, incluindo a caracterização experimental e a modelação;
- c)Recarga e vulnerabilidade de aquíferos e preservação e reabilitação de águas subterrâneas, incluindo a realização de ensaios laboratoriais.