O Departamento de Hidráulica e Ambiente compreende os seguintes seis núcleos:
- a)Núcleo de Águas Subterrâneas;
- b)Núcleo de Engenharia Sanitária;
- c)Núcleo de Estuários e Zonas Costeiras;
- d)Núcleo de Portos e Estruturas Marítimas;
- e)Núcleo de Recursos Hídricos e Estruturas Hidráulicas;
- f)Núcleo de Tecnologias de Informação.