À Unidade de Controlo e Auditoria compete:
- a)Exercer as funções de autoridade de controlo de 2.º nível do FEDER, no âmbito do QCA III, e do Fundo de Coesão;
- b)Realizar o controlo das intervenções co-financiadas pelo FEDER e pelo Fundo de Coesão no âmbito do QREN e ainda no âmbito dos programas de cooperação territorial, iniciativas comunitárias e mecanismo financeiro do espaço económico europeu;
- c)Efectuar auditorias à gestão e aos sistemas de informação de gestão dos programas operacionais no âmbito do QCA III, do Fundo de Coesão e do QREN;
- d)Assegurar a participação do IFDR, I. P., nos grupos, comissões técnicas de auditoria ou, em geral, nas estruturas de articulação do sistema de auditoria e controlo do QCA III, do Fundo de Coesão e do QREN;
- e)Intervir no processo de comunicação e acompanhamento dos casos de irregularidades no âmbito do FEDER e do Fundo de Coesão;
- f)Coordenar o relacionamento institucional com outras entidades de auditoria e controlo;
- g)Coordenar a participação das unidades, dos núcleos e das equipas de projecto nos controlos e auditorias.