As JAFCFQP destinam-se a avaliar a aptidão do pessoal nomeado para frequência dos diferentes cursos previstos no âmbito das carreiras dos militares da Força Aérea, exceptuando o curso superior de Guerra Aérea, curso geral de Guerra Aérea e outros que o CEMFA eventualmente atribua à JSFA, e têm a seguinte constituição:
Presidente - oficial superior de qualquer quadro;
Vogais - dois oficiais médicos do QP, sendo um deles o chefe da Secção da Saúde;
Secretário - capitão ou subalterno de qualquer quadro.