Os entrepostos devem assegurar as seguintes condições específicas de funcionamento:
1) As instalações dos entrepostos devem ser reservadas exclusivamente para esse fim e os animais só podem permanecer no entreposto pelo período indispensável à realização das operações inerentes ao objectivo do entreposto, nunca ultrapassando os sete dias;
2) Assegurar um vazio sanitário de 24 horas, cada sete dias, por cada sector independente da instalação, com o seu total esvaziamento, limpeza e desinfecção;
3) Proceder à lavagem e desinfecção dos parques até 48 horas após a saída dos animais, e outras operações de defesa sanitária e ambiental que sejam determinadas pelos serviços competentes;
4) Os entrepostos só podem operar com animais provenientes de explorações com classificação sanitária diferente, desde que estes animais se destinem exclusivamente a abate imediato;
5) Os entrepostos não podem operar com animais destinados à reprodução;
6) Os detentores devem assegurar a marcação de todos os suínos com a marca de exploração atribuída ao entreposto, antes da sua saída.