À Direcção de Auditoria incumbe efectuar o acompanhamento da actividade dos organismos instituições e serviços que integram o sistema de segurança social, nos domínios orçamental, económico e patrimonial, no âmbito do Sistema de Controlo Interno da Administração Financeira do Estado (SCIAFE), competindo-lhe:
- a)Avaliar, através da realização de auditorias aos procedimentos, sistemas de informação e ao processo contabilístico, a adequação dos sistemas de controlo interno e a conformidade dos registos contabilísticos do sistema de segurança social;
- b)Assegurar a representação técnica do Instituto no SCIAFE.