A ARSC, I. P., dispõe dos seguintes departamentos:
- a)Departamento de Saúde Pública e Planeamento;
- b)Departamento de Estudos, Recursos Humanos e Administração Geral;
- c)Departamento de Contratualização;
- d)Departamento de Gestão Financeira;
- e)Departamento de Instalações e Equipamentos.