1 - Para a tomada de decisão, será constituída anualmente uma Comissão Consultiva, sendo esta um órgão de apoio à decisão do Ministro com a tutela da área da Ciência. 2 - Os membros da Comissão Consultiva são nomeados pelo órgão governativo que tutela a área da Ciência e podem, a todo o tempo, ser substituídos, a pedido dos próprios ou, desde que tal decisão seja justificadamente tomada, pelo órgão governativo que tutela a área da Ciência.
3 - São funções da Comissão Consultiva analisar a fundamentação apresentada pelas pessoas proponentes, que justifique o valioso e excecional contributo para o desenvolvimento da ciência ou da cultura científica em Portugal dos propostos e emitir parecer, não vinculativo, onde justifique a premência da atribuição da medalha ao proposto.
4 - É, ainda, função da Comissão Consultiva ser ouvida, a título não vinculativo, sobre a decisão de não atribuição de quaisquer Medalhas de Mérito Científico, conforme previsto no n.º 2 do artigo 11.º
5 - A Comissão Consultiva é composta por até 5 membros de reconhecido mérito intelectual e cívico e, ainda, reconhecido mérito nas áreas da ciência ou da cultura científica, sendo um dos membros o seu presidente.
6 - Caso a Comissão Consultiva seja constituída por número par de membros, o presidente terá voto de qualidade.